Het vervolg…
In deel 2 gaat het verhaal uiteraard verder. Als de Master Chief terugkeert naar een verdedigingsstation van de UNSC wordt hij juichend onthaald door de mensen. Hij en Miranda Keyes (namens haar vader, Captain Keyes) krijgen beide een speciaal lintje voor de goede daden die ze gedaan hebben. Dan worden ze aangevallen door de Covenant, maar het lukt de Master Chief de aanval af te slaan. Het gevecht verplaatst zich naar de aarde, waar het verdedigingsstation omheen zweefde. Na een hels gevecht lukt het de UNSC marines onder leiding van Spartan 117 de Covenant terug te dringen. De Covenant vlucht terug naar hun schip en opent een slipspace (een soort oproepbaar zwart gat) waar door ze weg willen gaan, maar ondertussen was de Master Chief al aan boord gestapt van het UNSC schip “In Amber Clad” en is samen met de mariniers hen gevolgd.
Bij de Covenant begint het verhaal niet zo heel leuk, de Elite die de leiding had over de gevechten rond Halo (die ze verloren hebben), wordt van zijn rang ontdaan en zal gestraft worden. Hij heeft een keuze, sterven of The Arbiter worden (een soort huurling, waarbij hij zeker zal sterven). Hij koos voor het tweede.
Ondertussen wordt het UNSC schip geteleporteerd naar weer een andere ring, Delta Halo genaamd, welke zich op duizenden lichtjaren van de aarde moet bevinden. Nu ze er toch zijn zullen de Master Chief en zijn maten deze ring ook even opblazen, dus landen ze op Delta Halo. Daar ontdekken ze dat de Prophet of Regret (één van de drie leiders van de Covenant) de ring wil activeren om zo de Great Journey te beginnen. Dit mag niet gebeuren, dus gaat de Master Chief achter de Prophet of Regret aan, terwijl Miranda Keyes achter de Index (een soort sleutel waarmee je de ring kan activeren) aangaat.
Maar The Arbiter heeft ook een opdracht gekregen van de High Prophets, namelijk het vinden van de Index. En door het voorval met Halo hebben de High Prophets de Elites aan de kant geschoven, waardoor de Brutes naar voren zijn gekomen. Deze Brutes (die eruitzien als grote apen) nemen zo goed als alle taken van de Elites over.
Uiteindelijk lukt het zowel Miranda als The Arbiter om bij de Index te komen. Omdat Miranda een tikkeltje eerder was pakt The Arbiter de index van Miranda af, waarna Tartarus (de leider van de Brutes) met zijn magnetischachtige hamer de Index weer van The Arbiter pakt, zodat hij met de eer strijkt. Dan duwt Tartarus The Arbiter in een heel diep gat, waar The Arbiter opgevangen wordt door tentakels…
Het is de Master Chief ondertussen ook gelukt de Prophet of Regret het hoekje om te helpen, en uit woede blaast de Covenant de hele tempel op met een ruimteschip, waardoor Spartan 117 gedwongen het water in moest springen waar hij ook gepakt werd door tentakels…
Het blijkt dat de heerser van de Flood, een soort reusachtige plant met tentakels, diep in Delta Halo leeft. Zijn naam blijkt Gravemind te zijn, en hij spreekt met The Arbiter en de Master Chief. Hij wil niet dat de ring tot ontploffing gebracht wordt, en The Arbiter is ook niet van plan dit te laten gebeuren aangezien hij is verstoten van de Covenant. Met z'n drieën gaan ze de activatie van de ring dus tegen. Als ze de Index terug willen zien, moeten ze op plekken zoeken waar die waarschijnlijk zal zijn. Waarschijnlijk zal dat zijn op de basis van de Covenant, High Charity, of op de plaats waar de ring geactiveerd kan worden, de Control Room. Daarom wordt de Master Chief door Gravemind geteleporteerd naar High Charity, terwijl The Arbiter naar de Control Room gaat.
De Master Chief vecht al zoekend naar de Index in High Charity, hier en daar bevrijdt hij nog wat marines. Dan komt hij de Prophet of Mercy tegen, die hem verteld dat de Prophet of Truth al weg is; "to Earth, to finish what we started", want daar begint de Great Journey. In Amber Clad ramt dan Delta Halo, bestuurd door de Flood. De ring moet vernietigd worden, dus beveelt Cortana de Master Chief de Prophet of Truth achterna te gaan met een Forerunner schip in de buurt. Cortana gaat echter niet mee, ze wil de kernreactors van In Amber Clad overbelasten (net zoals met de Pillar of Autumn) zodat de ring vernietigd zal worden, en ze vindt dat ze niet het risico mag lopen dat dat mislukt.
The Arbiter vecht zich tegelijkertijd een weg naar de Control Room. Tartarus heeft zich echter opgesloten in de Control Room, zodat hij rustig de ring kan activeren. Maar onderweg komt The Arbiter Sergeant Johnson tegen, die net als hem Tartarus tegen wil houden en in het bezit is van een Scarab (een grote machine die zich voortbeweegt op 4 poten). Met de wapens op de Scarab zou het wel lukken de Control Room binnen te komen. Eenmaal binnen activeert Tartarus de ring, welke in gereedheid wordt gebracht waarna hij automatisch ‘afgaat’. Na een hevig gevecht tussen Tartarus en The Arbiter lukt het The Arbiter Tartarus uit te schakelen, waarna Miranda Keyes de Index snel uit het systeem haalt. Dan wordt er een plasma bal de lucht in geschoten waardoor er een rare ontploffing ontstaat in de lucht. Niemand begrijpt wat het was, dus wordt de voetbal-vormige computer om raad gevraagd.
343 Guilty Spark vertelt dat er nog een aantal andere Halo’s zijn, en dat omdat de procedure om de ring te volledig te activeren onderbroken was door Miranda, heeft de ring met de plasma bal de andere ringen op standby gezet. In deze modus kunnen de ringen alleen geactiveerd worden van één plaats, The Ark. The Arbiter vraagt nog naar de locatie van The Ark, maar helaas.
Want het scherm springt over naar een cutscene waarin de Master Chief aanboord is van het Forerunner schip. Het schip is bijna bij de aarde, dus een UNSC schip onder leiding van Lord Hood wil het schip vernietigen, maar doordat ze contact krijgen met iemand aan boord van het schip wachten ze.
Master Chief: “Can anyone hear me, over?!”
Lord Hood: “Isolate that signal! Master Chief! You mind telling me what you're doing on that ship?!”
Master Chief: “Sir. Finishing this fight.”
En zo eindigt het verhaal van Halo 2.
Klik om te vergroten...