De Covenant had wat haast en heeft het dus niet zo grondig gedaan zoals ze met andere planeten hebben gedaan, waardoor er nog overlevende waren. Waaronder ook de wetenschapster die het spartan II project geleid heeft (naam even kwijt). Master Chief was de hoogst gerankte spartan op dat moment en was ook nog de enigste met een eigen ai: Cortana, de rest van de spartans zou ook een ai krijgen maar voor dat dat gebeurde kwam de covenant de boel verkloten. Cortana heeft zelf voor John (master chief) gekozen, niet omdat hij speciale vaardigheden had (zoals talent in snipen bijvoorbeeld) maar juist omdat ie vrij gewoon was (voor een spartan) en altijd erg veel geluk heeft
En ja, Cortana is de ai die in Halo CE de ship ai was.
Maar dat was alleen omdat the pillar of autum (geloof ik zo uit het hoofd) zelf net ge'refit was en nog geen eigen ai had. Kaptain keys leende Cortana dus van de masterchief.
Voor de rest, Lees de boeken maar