Het hoofdverhaal speelt zich af in 2012. Desmond Miles, een barman, wordt gevangen genomen door het bedrijf Abstergo, en als onderzoeksobject in de "Animus" geplaatst. Dat is een machine die herinneringen van voorouders van het subject uit het DNA haalt. Abstergo is geïnteresseerd in de herinneringen van Miles voorouder Altaïr Ibn al-Ahad (Arabisch voor Niemandszoon, de vliegende, de vogel), een Assassin uit de 12de eeuw, ten tijde van de Derde kruistocht. Desmond kruipt door middel van de machine in de rol van Altair.
In het begin is te zien hoe Altaïr en een paar van zijn broeders proberen om in de tempel van Solomon het artefact "Piece of Eden" te bemachtigen. Ze worden onderbroken door Robert de Sablé IV, een lid van de Tempeliers en aartsvijand van de Assassins. Altaïr probeert hem te doden maar faalt daarin. Toch slaagt één van Altaïrs metgezellen om het artefact te veroveren, ten koste van zijn arm en het leven van een andere broeder. Altaïr brak al de drie voorschriften van de broederschap en wordt door de leider van de Assassins, Al Mualim, gedegradeerd tot de laagste rang. Al Mualim geeft hem de kans om zijn rang te herstellen door hem de opdracht te geven negen sleutelfiguren te vermoorden, in Acre, Damascus en Jeruzalem, om zo vrede te brengen tussen de kruisvaarders en de Moslims. Altaïr slaagt erin om elk doel om te brengen en leert zo dat ze alle negen verbonden zijn met Robert de Sablé en allemaal een zelfde doel dienen. Bij zijn laatste doelwit, Robert de Sablé zelf, leert hij dat Al Mualim ook een tempelier is en het artefact niet wou delen met de anderen. Daarom gaf hij de opdracht aan Altaïr om ze te vermoorden. Altaïr keert terug naar Al Mualim om hem hiermee te confronteren en hij bekent. Het "Piece of Eden" wordt gebruikt om illusies op te wekken en hij verklaart dat alle religieuze mythen (zoals het splijten van de Rode Zee, water dat wijn wordt) gewoon illusies zijn veroorzaakt door het artefact. Al Mualim zegt dat hij het wil gebruiken om de mensen te hersenspoelen zodat de kruistocht kan eindigen. Altaïr valt zijn meester aan, maar die gebruikt het artefact om Altaïr in de war te brengen met illusies. Uiteindelijk lukt het toch om zijn meester te doden en het artefact te pakken te krijgen. Dan toont het artefact een hologram, dat de wereld voorstelt met verschillende plaatsen op de kaart aanduidt.
Hiermee is de taak van Desmond volbracht. Hij krijgt te horen dat Abstergo de hedendaagse Tempeliers zijn en dat de Assassins geprobeerd hebben om hem te bevrijden, maar dat lijkt mislukt. Abstergo gebruikte Desmond om de locaties van andere artefacten te weten te komen. Desmond wordt alleen gelaten in zijn kamer maar leert dat hij door gebruik van de Animus verborgen, cryptische boodschappen op de muur kan zien, achtergelaten door een vorig onderzoeksobject die werd gebruikt door Abstergo.
Bron: Wikipedia
